Narutot és kis csapatát:Sakurát,SaitésYamatótazzal a feladattal bízzák meg, hogy keressék meg aMukadenevű eltűnt ninját. Küldetésük az egykor pompás és hatalmas ezer tornyú sivatagi város, Rouran romjaiba vezeti őket, ahol be is kerítik a lázadó ninját, akinek terve, hogy visszautazzon az időben és átvegye a hatalmat az öt nagy ninja nemzet fölött, a mélyen a romok alatt áramló, Ry?myaku nevű chakrafolyam segítségével, amit annak idején maga a4. Hokagepecsételt és zárt le tőrével.
Az akcióba időközben hiba csúszik, mivel a csapat nem képes időben megállítani a folyamatot, és ez nem várt "végkifejlethez" vezet. Naruto 20 évvel visszarepül a múltba, de azt kell tapasztalnia, hogy Mukade már 6 éve Anrokuzan álnéven Rouran minisztere, ráadásként megölte az előző királynőt, és most annak lánya, Saara életére tör, hogy átvesse az irányítást Rouran felett, majd ezzel a hatalommal a kezében világuralomra tehessen szert.
