Miután megszabadult a 501-es szervezetnél betöltött feladataitól, Motoko Kusanaginak most meg kell tanulnia, hogyan fogadja el Aramaki parancsait. Valaki feltöri a Logicomák rendszerét, és Batou segítségül hívja Ishikawa volt katonai hírszerző tisztet és Borma volt légi tüzérségi szakértőt. Kusanagi szintén megpróbálja megnyerni Saito mesterlövészt és Paz titkosrendőrt az új 9. Közbiztonsági Osztályhoz.
